这一时期，黄老之术形成的玄学异常活跃。玄学是魏晋时期的主要哲学思潮，是道家和儒家融合而出现的一种文化现象，也可以说是道家之学的一种新的表现方式。其在中国传统哲学的发展历史中是一个极其重要的环节，对于中国传统哲学乃至整个传统文化的某些基本性格的形成起着决定性的作用。它在沟通当时作为外来文化的佛教思想与中国传统文化方面，也起到了重要的桥梁作用。玄学家们做出了特殊的理论贡献--“自然合理”论。但由于儒学的一些弊病和社会政治原因，也出现了品核公卿、裁量执政的清谈横议之风。
       这一时期儒学已从在野的文化变成了拥有正统地位的文化，庠序中的学子们均尊孔读经。儒学的核心是一种世俗道德伦理体系，其体系以依经训释、考据讲解为主的经学面目出现，活力远不如玄学、佛学。
       佛学起源于古印度恒河流域一带，后来传到了中国。《魏略.西戎传》记载从公元二年开始有人传授佛经。佛教在传播过程中巧妙地与中国的本土文化相结合，迅速发展起来，对中国文化起到了重要的影响作用，以致于后来的国学导师梁启超说不研究佛教就不会懂中国的文化。
       南北朝时期最有影响的佛教美学思想是庐山东林寺的慧远。慧远是中国佛教净土宗的祖师，极力推崇禅学，《出三藏记集》中说他“每慨叹‘道教东来，禅数尤寡，三业无统，斯道殆废’”，强调“禅非智无以穷其寂，智非禅无以深其照，则禅智之要，照寂之谓”的禅智论。他的《庐山诸道人游石门诗序》体现了其“念佛三昧”虚静的审美学说：“夫崖谷之间，会物无主。应不以情而开兴，引人致深若此，岂不以虚明朗其照，闲邃笃其情耶。并三复斯谈，犹昧然未尽。俄而太阳告夕，所存已往。乃悟幽人之玄览，达恒物之大情，其为神趣，岂山水而已哉？”南北朝时期，我国最著名的艺术理论家刘勰就是这一思想的直接发挥者，其《文心雕龙》更是中国石文化不得不加以借鉴的一部指导书。《南齐子.文惠太子传》所述“多聚奇石，妙极山水”，就记载了文惠太子造园林置石的情况，并被山东来临朐北齐崔芬墓壁画所印证。
      这个时期还有一个值得一提的就是：谶纬是否对中国石文化的发展产生了影响？谶纬之学主要以古代河图、洛书的神话及西汉董仲舒的天人感应说为理论依据，将自然界的偶然现象神秘化，并视为社会安定的决定因素。我们今天看到的很多自然形态的奇石，有的形象栩栩如生如龙似凤，有的于石画上如名人的肖像。而在漫长的中国社会发展中，当今只出现过香港回归时有人收藏的“香港地图”奇石，及有人拾到的带有刘少奇肖像图案并要送给王光美的石头。但是一部《二十六史》却没有一处记载在以龙为图腾的中国，哪个皇帝登基立国时有臣民为皇帝献礼以证天命的。有最优秀的史学家司马迁在《史记》中写汉高祖刘邦斩白蛇、《魏书.释老志》中载汉明帝夜梦金人的，但在各种祥瑞中却没有出现以石形、石纹来比赋天人感应的，也没有用石头像什么的来穿凿附会于帝王的。这说明在那个时代：第一，赏石人的队伍还没有达到相应的数量，所能采集到的雅石数量种类有限；第二，对质、文的理解与现在不同。我们在“说文解字”一节里提到了那时的人更注重“石之美者”。那么石之美者是什么？首先是石头的质地，即有五德的玉石，现在以那个标准去觅，也很难达到足以图说政治的图谶之石。“质”不好就更不用提了，人们讲究的“文质彬彬”、“不野不史”就等于是大海捞针了。万一图影歪斜，被疑心多虑者捕风捉影就不是小事了。不是有人说了一句“清风不识字，何故乱翻书”就被杀头的吗？
       总之，中国艺术的三大支柱--儒、释、道三家以及玄学、谶纬都是在对赏石文化进行渗透并产生着积极的影响。儒、释、道三家都在“正心”的基础上开始对心灵与精神展开追求。这种追求体现在艺术中，便淡化了宗教的色彩，成为一种收束心性的自我修养方式、一种自然惬意的生活方式、一种内在的人格理想情操、一种恬淡清幽的审美情趣与空灵清澈的艺术境界。
       儒、释、道共同的美学意义都是审美式的的人生态度和人生境界，一个主动、一个主静、一个主空。随着中国石文化在魏晋南北朝的发展，特别是这一阶段儒、释、道三足鼎立长期共存的局面下，追求完美、怡情悟道成为主流，一度没有像唐、宋古文运动那样强烈的“文以载道”。这正是中国石文化发展源远流长却长而不广的原因。